Utilisation de Jupyter Lab

JupyterLab est disponible sur Osirim dans les images singularity mises à votre disposition.

Pour y accéder, ouvrir un navigateur à l'adresse https://jupyter-slurm.irit.fr puis saisir votre login et mot de passe Osirim.

Vous obtiendrez alors un formulaire dans le lequel vous pourrez choisir :

• l'image singularity que vous souhaitez utiliser (pytorch, keras, tensorflow, ...)

• la durée maximale d'utilisation de JupyterLab (19 h max)

• la partition 'GPUNodes' ou 'RTX6000Node' (si utilisation de cartes GPUs) ou une partition CPU

• le nombre de cartes GPUs à réserver (1 par défaut), si vous utilisez la partition GPUNodes.

Le formulaire déclenche le lancement d'un Job Slurm et l'exécution de JupyterLab dans le conteneur Singularity que vous avez sélectionné, sur un des serveurs de calculs de la partition choisie.

JupyterLab s'ouvre ensuite dans votre navigateur. Depuis JupyterLab, vous avez accès à votre home directory (dans le bandeau de gauche) ainsi qu'aux répertoires /projets/...

Le job Slurm sera supprimé automatiquement à la fin de la durée d'exécution que vous aurez sélectionnée dans le formulaire. Vous pouvez également arrêter vous-même le traitement en sélectionnant 'Hub Control Panel' dans le menu 'File', puis 'Stop my server'.

NOTE : si vous avez créé dans votre home directory un environnement virtuel spécifique, vous pouvez si vous le souhaitez rajouter dans Jupyterlab un kernel correspondant.
Pour cela, connectez vous en ssh sur osirim-slurm.irit.fr, puis effectuez les commandes suivantes pour votre environnement virtuel ('mon_env' dans l'exemple) :

[bob@co2-slurm-client ~]$ source $HOME/mon_env/bin/activate
[bob@co2-slurm-client ~]$ pip install ipykernel
[bob@co2-slurm-client ~]$ python -m ipykernel install --user --name=my-kernel
[bob@co2-slurm-client ~]$ source deactivate

Le kernel nommé 'my-kernel' viendra se rajouter à la liste déroulante des kernels à la prochaine exécution de Jupyterlab.